Krudsky le Magnifique, un magicien de carnaval raté, dérobe la lumière magique à Willow, la princesse des fées. Scooby-Doo et Sammy ne doivent pas perdre une seconde pour empêcher cela ou sinon tout le monde se verra transformé en horribles monstres d'Halloween. Scooby-Doo et ses amis embarquent alors sur le Train de la Mort en direction du monde fantastique d'Halloween pour récupérer le puissant Sceptre Goblin....